La grippe aviaire est causée par un virus. On sait que plusieurs sous-types du virus, notamment les sous-types H5N1, H7N7, et H9N2 peuvent se transmettre à l'homme et le rendre malade. Les lettres H et N du nom donné au sous-type du virus correspondent aux protéines à la surface du virus; elles servent à distinguer les différents sous-types.
Le terme pathogénicité est une mesure de la probabilité d'un virus à causer la maladie. Ainsi, le virus de la grippe aviaire peut être hautement pathogène ou faiblement pathogène. Différents sous-types du virus peuvent entraîner une affection bénigne ou au contraire une affection extrêmement contagieuse et dangereuse qui peut se propager très rapidement.
Les virus influenza ont la capacité de modifier constamment leurs gènes. Ce processus s'appelle mutation et peut s'effectuer de deux façons :
- un gène entier d'un sous-type peut se transformer en un autre sous-type;
- un gène existant peut se modifier à l'intérieur d'un sous-type.
Ce sont ces gènes qui détermineront si le virus causera une infection bénigne ou, au contraire mortelle, chez la personne ou l'animal infecté. Le virus aviaire qui infecte les oiseaux peut se présenter sous au moins 15 sous-types différents et, en général, il n'affecte que la population des oiseaux. Le sous-type le plus dangereux est le H5N1.
Lorsque le virus est détecté parmi les humains, on dit que le virus a franchi la barrière des espèces. Cela signifie que le virus a subi une mutation telle, qu'il peut maintenant causer la maladie chez l'humain. Étant donné que les humains n'ont pas de protection naturelle ou d'immunité contre le virus, ils ont toutes les probabilités de devenir très rapidement malades et même de mourir à la suite des complications de la grippe aviaire.
La transmission de l'oiseau à l'homme : des oiseaux comme les dindes, les oies, et les poulets domestiques viennent en contact avec le virus par le biais de la nourriture, de l'eau ou de particules contaminées par le virus. Le virus peut se propager par les déjections d'oiseaux migrateurs, qui sont des porteurs naturels. Il peut survivre pendant 3 mois à des températures froides. Il peut aussi survivre dans l'eau à 0 °C pendant plus de 30 jours et à 22 °C jusqu'à 4 jours. Si une personne par son travail en contact étroit avec ces oiseaux inhale des particules de poussière contaminées par le virus, ou si elle est contaminée par d'autres modes, elle risque de contracter la grippe aviaire.
Dans les pays où des oiseaux vivants (par ex. les poulets, les oies ou les dindes) sont vendus dans des marchés à côté de porcs ou encore élevés à proximité de porcs, le risque que le virus se recombine avec d'autres sous-types est encore plus élevé. Cela, parce que les virus humains et les virus aviaires peuvent infecter le porc. Ainsi, si un porc est infecté par les deux virus en même temps, différentes parties des virus aviaire et humain peuvent se combiner ensemble. Plus tard, le virus aviaire qui a acquis certains des gènes du virus de l'influenza humain pourra causer la maladie plus facilement chez l'humain.
La transmission entre humains : on tente d'élucider actuellement la capacité du virus à se transmettre facilement de personne à personne.