L'organisme d'une personne atteinte de maladie cœliaque n'a pas la capacité d'absorber les nutriments provenant de l'alimentation. Ce problème de malabsorption peut entraîner des carences en vitamine et en minéraux. Une carence en fer due à une malabsorption cause une anémie, c'est-à-dire une diminution du taux de globules rouges susceptible d'engendrer de la fatigue et un état de faiblesse générale. Les symptômes de la maladie cœliaque peuvent comporter une diarrhée aiguë, une sensation de ballonnement et des crampes abdominales.
Les aliments qui ne sont pas absorbés sont excrétés dans les selles. Une personne atteinte d'une diarrhée aiguë risque de se déshydrater. Les émissions fécales sont souvent volumineuses et mousseuses, elles sont grises ou d'un brun clair et elles sentent le rance étant donné qu'elles contiennent des graisses qui n'ont pas été absorbées. Les selles collent souvent à la cuvette des toilettes en raison de la grande quantité de gras qu'elles contiennent.
Les personnes atteintes de la maladie cœliaque perdent souvent du poids parce que leur corps ne peut pas absorber les nutriments essentiels provenant de leur alimentation. Le manque de vitamines et de minéraux peut mener à diverses complications. Les personnes qui ont besoin de protéines ont des jambes qui enflent, tandis que celles à qui la vitamine K fait défaut observent un saignement des gencives. Certaines carences entraînent des atteintes neurologiques qui provoquent des troubles de la pensée et de la concentration. D'autres sont à l'origine d'une peau sèche, ou de lésions sur les lèvres et la langue. Quelquefois, les personnes atteintes de la maladie cœliaque souffrent d'ostéomalacie (un ramollissement des os) imputable à des déficiences nutritionnelles.
Nous savons maintenant, grâce aux procédés d'examens modernes (reportez-vous à la section « Diagnostic ») que quelques personnes atteintes de la maladie cœliaque ne présentent pas nécessairement les symptômes intestinaux que les médecins avaient l'habitude de considérer comme caractéristiques pour poser le diagnostic de maladie cœliaque. Si vous observez la survenue de certains symptômes plus généraux comme une anémie, des anomalies de la fonction hépatique, ou de l'arthrite, votre médecin pourrait vous recommander des examens qui mettraient en évidence la présence de la maladie cœliaque. Si vous êtes atteint de la maladie cœliaque, vous pouvez également subir de l'infertilité.